Institué par la Loi la loi n°51 du 21 août 1999 et institutionnaliser en 2010 dans la constitution en son titre XI, le Médiateur de la République est une institution et une personnalité indépendante qui investie d’une mission de service public. Il ne reçoit d’instructions d’aucune autorité. Il est nommé par le Président de la République pour une durée de cinq (5) ans non renouvelable. Il est inamovible. Il jouit de l'immunité dans l'exercice de ses fonctions.
Le statut, les attributions, l'organisation et le fonctionnement du Médiateur de la République sont fixés par une loi organique. Le Médiateur de la République ne se substitue pas aux tribunaux. Ses services sont organisés par le décret n°2000-149/PRE du 11 juin 2000.
Il dispose d'un Secrétariat général, d'un service de gestion de la documentation et des archives, de trois départements d'instructions et des délégués régionaux dans les 5 régions (Ali-Sabieh, Dikhil, Obock, Tadjourah et Arta). Le Médiateur de la République joue un rôle de médiation entre l’Administration et les usagers.